（1）工程中心制订了一系列管理制度，包括工程中心工作条例、工程中心开放实验室使用制度、实验室安全准入制度、实验室安全应急方案、工程中心知识产权管理制度，工程中心成果奖励方案、工程中心资料存档管理办法、工程中心开放基金管理办法、工程中心科研项目管理办法、工程中心对外交流合作制度等。工程中心实行纵横向课题项目负责人制度，即由课题主持人全面负责科研项目的研究工作，并向项目主管部门和工程中心负责。工程中心对承担课题的研究进度、任务执行情况、经费使用情况、成果总结、资料数据归档等方面进行监管。同时，加强知识产权保护和保密工作。固定人员与流动人员在工程中心完成的研究成果（包括专著、论文、软件、数据库等）均应署上工程中心名称。通过合理监管，提升工程中心各项建设水平。
（2）工程中心由固定人员和流动人员组成，对人员的管理采取多元化分类管理方式。固定人员由研究人员、技术支撑人员和管理人员组成，实行岗位开放制，按需设岗，竞争聘岗，并重视高层次人才的培养与引进。对各类人员进行聘期工作考核，根据考核结果续聘或解聘。固定人员的工资和津贴由学校统一管理和支付。流动人员主要由国内外访问学者、博硕士研究生组成，按需聘用，实行动态管理。流动人员的费用支出由相关课题组解决或开放基金中解决。
（3）学校将进一步整合、调整相关学科与学院的研究力量和研究资源，将工程中心房屋和仪器设备（特别是公共研究、工程设备）相对集中，并加强管理。在仪器设备管理与使用方面，学校已制订较为完善的规章制度和管理办法，工程中心除严格执行的学校政策外，还将制订实施细则，进一步加强仪器设备管理，提高仪器设备的使用效率。同时，加强工程技术支撑人员的培养和培训，努力提高其业务水平和管理水平，提高为科学研究和人才培养服务的能力。工程中心按研究方向和功能分区，实行“统一管理、分级负责、责任到人、全面开放”的管理机制。大型工程仪器设备主要由研究生及以上学历人员运行、管理和功能开发，工程中心对其进行绩效考核。
